9月1-10日，市疾控中心再次完善《内江市疾病预防控制中心新冠肺炎疫情处置各组工作流程图》，上报市卫健委，并印刷成册下发中心各工作组和各县（市、区）疾控中心。
9月6日，内江市疾控中心党委召开中心组学习（扩大）会，认真传达学习内江市第八次党代会精神，讨论修订内江市“十四五”健康发展规划，内江市区域卫生规划《2021—2025》。党委书记、主任罗文斌主持会议，党委副书记、工会主席朱笛领学。会上，全体中心组成员、中层干部认真学习了《中国共产党内江市第八次代表大会关于中共内江市第七届委员会报告的决议》，参与了中国共产党内江市第八次代表大会的党代表王婉薇、大会疫情保障组现场总指挥徐勇分别做了交流发言。
9月6-8日，市疾控中心组织质量管理专业技术人员对各县（市、区）疾控中心对照实验室各项规范、标准开展了新冠病毒核酸检测实验室专项质量检查；针对存在问题，于9月13日召开全市疾控机构新冠病毒核酸检测实验室专项质量整顿会，并在会上对新冠病毒核酸检测实验室生物安全管理和实验室检测工作质量再次进行了培训；根据全市质量检查和整顿会收集到的情况，对照实验室质量规范、标准，于9月15日印发了《内江市疾控系统新型冠状病毒核酸检测工作指引》。9月22日整理形成书面报告《关于全市疾控机构新冠病毒核酸检测实验室专项质量检查有关情况的报告》报市卫健委。
9月6-10日，市疾控中心专业人员对全市麻风病防治工作开展了2021年度技术指导工作。本次指导提高了县（市、区）对麻风病防治工作的重视，巩固了内江市麻风病“零传播”、“零发病”的防治成果。
9月14-15日，四川省卫生健康委员会行政审批处李川、叶飞带领资质延续考核专家组成员张成云、谭利民、杨非一行五人莅临内江市疾控中心，对中心申请的放射卫生技术服务乙级资质延续进行了现场评审。专家组评审意见：内江市疾病预防控制中心放射卫生技术服务机构乙级资质延续评审合格。
9月16日，市疾控中心举行学习习近平总书记“七一”重要讲话精神专题宣讲会。特邀市委宣讲团成员、内江卫生与健康职业学院副院长文惠和内江市卫健系统先进代表、内江市第一人民医院医生曹宇分别作专题和特色宣讲。中心党委副书记、工会主席朱笛主持会议，中层干部、支委成员、党员代表、职工代表共计50余人聆听宣讲。
9月27日，市疾控中心举办新冠病毒疫苗接种暨免疫规划工作培训班，四川省疾控中心免规所刘宇和刘家洁两位专家莅临会场开展专题讲座，各县（市、区）疾控中心分管领导、免规科科长及技术骨干、县级及以上医疗机构防保科科长、乡镇卫生院/社区卫生服务中心免疫规划工作人员等共计110余人参会。
9月27日，省疾控中心寄防所血防科吴子松科长等专家组成的督导组对我市血吸虫病防治工作展开督导。督导组先后来到水南镇渡河码头、二桥湿地公园进行实地查螺，并与当地工作人员、群众进行交流，了解基层血防工作开展情况、困难及建议、居民对血吸虫病的知晓情况。
9月27-28日，市疾控中心组织培训学习四川省2021年新冠肺炎疫情防控工作指南（第四版）和四川省农村地区新冠肺炎疫情常态化防控操作手册。
9月，为全民健康生活方式宣传月，市疾控中心紧紧围绕“三减+三健，健康新动力”宣传主题，在全市组织开展了全民健康生活方式宣传月系列活动。一是依托媒体拓展健康教育覆盖面。将传统媒体与新媒体相结合，市、县疾控中心利用户外宣传栏、LED屏、报纸等传统媒体滚动播放“三减三健”、“全民健康”等内容，通过微信、微博等新媒体发布健康生活方式的相关宣传知识，不间断推送健康生活方式的相关咨询累计30余期次。二是开展现场活动健康送进千家万户。组织疾控机构、医疗机构通过举办义诊咨询、健康讲座、入户宣传等活动形式，发放宣传资料和控油壶/限盐勺/膳食宝塔冰箱贴等健康辅助支持工具，广泛宣传健康生活方式、慢病防治知识、卫生保健知识、“9.15”减盐理念等内容，宣传月期间，全市累积发放宣传资料32000余份，开展义诊和健康讲座20余场次，发放健康支持工具10000余套。
9月，市疾控中心与四川九阵科技股份有限公司联合申报的《5G环境下普适健康管理平台与服务生态体系建设及试点》通过工信部和国家卫健委的专家评审，入围5G+医疗健康应用试点项目名单。
10月9日，市疾控中心举办了健康生活方式指导员技能竞赛总决赛。竞赛的开展，为全市健康生活方式行动夯实了基础，搭建了更广阔的平台，将进一步发挥其在社区人群中健康知识传播和健康行为指导的传输纽带作用。
10月11-12日，省疾病预防控制中心寄防所邹晏、郁涛、葛黎等专家组成的督导组对我市输入性疟疾再传播风险评估工作展开督导。督导组先后来到市中区人民医院、朝阳镇卫生院、永安镇卫生院、市中区疾控中心进行了查看资料与考核，了解基层2018-2021年疟疾工作开展情况，重点对基层临床医生、实验室镜检人员进行了考核，深入了解基层疟疾防治工作能力。
10月11-22日，市疾控中心组织专业技术人员开展了2021年免疫规划第三季度技术指导。通过此次技术指导，全面掌握了我市免疫规划工作开展情况，及时发现基层工作中存在的问题和短板，强化了疫苗可预防疾病监测、常规免疫规划工作管理及新冠疫苗接种等工作规范性要求，
10月15日，市疾控中心举办了内江市结核病统计监测暨患者健康管理服务培训班。全市各县（市、区）疾控中心、结核病定点医院及部分基层医疗卫生机构相关工作人员30余人参加培训。
10月19-28日，市疾控中心专业技术人员在中心党委副书记、工会主席朱笛同志带领下对全市结核病防治工作开展三季度技术指导。通过本次技术指导，对进一步规范基层医疗卫生机构结核病防控工作，提升工作质量，有序推进各项目标任务完成奠定了坚实的基础。
10月25日，市疾控中心专业技术人员以《科学防控近视，关爱孩子健康》为题，在市教育局举办的全市学校卫生工作培训会上进行专题讲座，各县（市、区）教体局、经开区社事局分管领导及科长，各大专院校及部分中小学校分管校长及科长70余人参加本次会议。
10月25-26日，四川省职业病防治项目及省级健康企业创建工作现场调研组对我市开展了调研工作。此次调研，为我市项目工作中存在的问题提出了解决方案，为更加高效开展职业病防治工作，提升全市职业防治工作业务水平起到了积极的指导作用。
10月26日，成都医学院公共卫生学院陈建院长一行5人前来市疾控中心就人才培养、科研项目合作、实习生管理等方面进行调研交流。中心领导罗文斌、朱笛、徐勇以及相关科室负责人参加。本次调研交流，将进一步推进院校与疾控优势互补、资源共享、信息互通、人员互动，实现产、学、研全方位融合，为助推我市疾控事业高质量发展提供强有力的科技支撑，为共同探索新时期公共卫生发展新模式，打造疾控工作的“内江样板”。
10月26日，市疾控中心举行新冠肺炎聚集性疫情处置应急演练，中心领导及流调、消杀、检验检测等9个应急处置工作组共计40余人参加演练。此次演练，进一步提高了中心聚集性疫情防控处置能力，为科学、精准、高效、有序做好新冠肺炎疫情常态化防控和应对处置打下了坚实基础。
10月28日，市疾控中心举办全市新冠疫苗加强免疫暨3-11岁人群新冠疫苗接种工作培训班。各县（市、区）疾控中心分管领导、免疫规划科科长、技术骨干等共计30余人参会。
9-10月，市疾控中心先后派出16人次全力做好内江市第八届人民代表大会第一次会议、内江市第八届政协第一次会议、人才周活动及四川省老科协川南片区联席会议协调会等大型会议、活动现场保障，协助制定疫情处置应急预案和防控指南。派出50余人次为参会人员开展核酸采集、检测，共采集核酸4200余人份。
10月，BCG疫苗临床研究项目成功完成剂量组11-17岁志愿者筛选入组工作。截至10月底，该项目共完成110人入组，其中20人已结束随访管理，完成整个研究。
10月，实验室改扩建项目进展情况。土建：院内景观平场已基本完工；室内地砖、花岗石全部铺贴完成；环网柜、箱变已全部安装完毕，并通过供电局验收。工程进度约95%。EPC项目：已完成新楼四至七楼实验室隔墙、吊顶、门窗、地面、涂料、窗帘盒、不锈钢门窗套等装饰装修内容；已完成通风系统、空调系统、风口风阀等内容；已完成给排水系统；已完成配电箱、开关插座、灯具、管线、自控系统等内容；已完成实验台柜等安装内容.工程进度约90%。
深入开展党史学习教育，为民服务办实事系列活动。一是2021年是乡村振兴开局之年，为落实好学党史、办实事，巩固脱贫攻坚成果，贯彻落实市委市政府关于乡村振兴工作部署，准确掌握重点户基本情况，9月26日，市疾控中心党委委员、中心副主任徐勇带队深入到资中县文峰村开展入户走访活动。二是为进一步弘扬中华民族敬老爱老的传统美德，10月13日，在重阳节来临之际，市疾控中心组织离退休职工慰问座谈会，向所有离退休人员送去党和政府的关心关爱。中心党委成员、离退休人员出席会议。三是10月19日，市疾控中心围绕关爱特殊人群膳食健康的主题，组织专业技术人员到市第二社会福利院开展健康食堂建设指导，将健康膳食理念引入福利机构，保障特殊人群健康。