人类通过密切接触感染动物的血液、分泌物、器官或其他体液而感染埃博拉病毒。在非洲，人们因处理受感染患病或者死去的热带雨林中的黑猩猩、大猩猩、果蝠、猴子、森林羚羊和豪猪等而导致感染。很重要的是要减少接触高危动物(即果蝠、猴子或猿)，包括捡拾在森林中发现的死亡动物或处理其生肉。
当人们通过破损皮肤或粘膜与感染者的血液、体液或其它分泌物(粪便、尿液、唾液和精子)直接接触时就可导致感染。当健康人的破损皮肤或粘膜接触被埃博拉病人的血液和体液污染的环境或物品(如脏衣物、床单或者用过的针头)时，也可发生感染。医务人员在救治埃博拉病人时如果没有穿戴合适的个人防护装备，就可能会接触到这一病毒。在埃博拉死者葬礼时，人们与死者尸体直接接触，也是埃博拉病毒传播的重要方式。